脑部联合分析 多样本联合解卷积分析 看一看示例代码 加载数据 suppressPackageStartupMessages({ library(ggplot2) library(patchwork) library(scater) library(harmony) library(BayesSpace) }) set.seed(100) matrix_dir="~/Documents/Spatial/mouse_brain/Sec1_Anterior/outs/" sec1_anterior <- SpatialExperiment:...
样品间的比较分析提供了对基因表达的空间调控的见解,揭示了在单样品ST分析中可能被忽视的空间集群和协调的基因模块。 那么我们的目标就是:提供工具用于多样本ST数据集的综合分析,其中填补的空白包括 多样本ST数据分析的无参考数据集反卷积方法。 样本内和样本间的信息共享,构建跨样本网络图 跨ST样本的生物信号矫正。
STIE有两种模式:(1)单细胞反STIE有两种模式:(1)单细胞反卷积/卷积:根据细胞类型转录组特征,STIE将低/高分辨率spot反卷积/卷积成单细胞。转录组特征可以从现有的不同组织的单细胞图谱中定义。(2)单细胞聚类(Signature-free 单细胞反卷积/卷积):在没有细胞类型转录组特征的情况下,STIE可以在单细胞水平上进行聚类...
STIE有两种模式:(1)单细胞反STIE有两种模式:(1)单细胞反卷积/卷积:根据细胞类型转录组特征,STIE将低/高分辨率spot反卷积/卷积成单细胞。转录组特征可以从现有的不同组织的单细胞图谱中定义。(2)单细胞聚类(Signature-free 单细胞反卷积/卷积):在没有细胞类型转录组特征的情况下,STIE可以在单细胞水平上进行聚类。
多样本ST数据分析的无参考数据集反卷积方法。 样本内和样本间的信息共享,构建跨样本网络图 跨ST样本的生物信号矫正。 空间多样本分析框架 核心步骤如下 (1)构建基于表达的组织样本间批量效应校正后信息共享的点转录邻接矩阵; (2)构建点空间邻接矩阵,实现样本内物理相邻点之间的空间关联; ...
解卷积技术是通过利用卷积定理,将卷积系统的频率响应进行逆变换,从而得到信号的恢复值。解卷积技术的核心是正规方程组或者是逆矩阵的求解,解决了存在多个未知变量的方程组求解问题。 解卷积技术同样广泛应用于通信系统中的信号处理和图像处理等领域,它可以有效的消除传输路径信号空间的衰减以及噪声影响等问题,从而得到更高...
卷积计算(图解法)分析.ppt,卷积计算——图解法 计算步骤如下: (1)翻褶:先在坐标轴m上画出x(m)和h(m),将h(m)以纵坐标为对称轴折叠成 h(-m)。 (2)移位:将h(-m)移位n,得h(n-m)。当n为正数时,右移n;当n为负数时,左移n。 (3)相乘:将h(n-m)和x(m)的对应序列值相乘。 (4)
什么是解卷积?6月 19, 2018我们平常看到的总离子流色谱图(TIC)其实是软件根据质谱采集到的一个个数据点拟合出来的。每一个数据点背后就有一张质谱图。当两个或多个色谱峰没有分离开而共流出时,质谱采集到的数据点就是一张混杂的质谱图,包含了多个组分的碎片信息。如果直接用于定性分析会导致物质相似度的降低和...
STIE有两种模式:(1)单细胞反STIE有两种模式:(1)单细胞反卷积/卷积:根据细胞类型转录组特征,STIE将低/高分辨率spot反卷积/卷积成单细胞。转录组特征可以从现有的不同组织的单细胞图谱中定义。(2)单细胞聚类(Signature-free 单细胞反卷积/卷积):在没有细胞类型转录组特征的情况下,STIE可以在单细胞水平上进行聚类...
LC/MS质谱图解卷积分析 液相色谱-质谱联用仪(LC/MS)是检测mRNA疫苗和寡核苷酸的一个重要手段,其中一个典型的工作是通过质谱图中一系列多电荷离子的质荷比(m/z)和电荷数(z),来计算分子的平均分子量。 通常这一任务是在高分辨质谱上完成,但在某些情况下,其高昂的成本或较高的技术门槛,对一些实验室来说是一...